A então denominada ASSOCIAÇÃO ACADÉMICA DE ÁGUAS SANTAS, foi fundada em 1962, no Café Coutinho por um grupo de jovens entusiastas, dos quais os cinco primeiros associados foram Marques Lino, Walter Coutinho, José Torres, Armando Marques e Joaquim Ribeiro. 

 A primeira representação desportiva aconteceu nesse mesmo ano com uma equipa de infantis de futebol de cinco que venceu o Torneio da Feira Popular de Ermesinde. 

 No mesmo ano, em cerimónia festiva, foi inaugurada a primeira Sede do Clube. 

 Preenchendo uma importante lacuna do associativismo local, em breve o Clube se orienta para uma modalidade em expansão – O ANDEBOL. 

 Assim, quando em 1966 foi inaugurado o Campo de Jogos – em terra batida – no local do actual pavilhão, já o Clube apresentou duas equipas (seniores e juniores) de Andebol de Sete em competição. Nesse mesmo ano se filiou na Associação de Andebol do Porto e no ano seguinte, tendo adquirido o terreno do campo de jogos e passado o respectivo piso para cimento, se começaram a disputar os Campeonatos Regionais “em casa”. 

 Desde então, não esquecendo a convivência com outras modalidades das quais chegaram a ter alguma expressão o Ténis de Mesa e o Badminton, a história do Clube passa pela História das suas equipas de Andebol. 

 Enquanto os pioneiros do Andebol no Clube iam corajosamente construindo dentro do campo uma reputação de qualidade e desportivismo que perdura, alguns deles apoiaram e incentivaram a criação da primeira equipa de juvenis do Clube – 1969/70 – cujo núcleo, demonstrou desde logo a justeza de uma aposta na formação que se mantém até hoje, esteve presente em todos os êxitos que, numa dúzia de anos, conduziram a Associação Atlética de Águas Santas pela primeira vez até ao escalão maior do Andebol Nacional: 

 – Em 1971 – O Primeiro Título Associativo – Taça Dia Olímpico. 

 – Em 1973/74 – Título Regional da 2ª divisão e primeira presença nos quartos de final da Taça de Portugal. 

 – Em 1979/80 – Título Regional da 1ª divisão, vitória na Zona Norte da 3ª Nacional e subida à 2ª Divisão Nacional. 

 – Em 1980/81 – Presença na “Final Four” da 2ª Divisão Nacional e subida à 1ª Divisão Nacional (Zona Norte). 

 Nessa mesma época se concluiu a cobertura do Pavilhão, cuja primeira pedra fora colocada em 1973 pelo já então Presidente da Câmara Municipal da Maia Dr. Vieira de Carvalho, passando finalmente o Clube a treinar e jogar em casa e a poder trabalhar decididamente na formação. 

 Enquanto a equipa sénior, em período de refluxo, se fixava durante longo tempo na 3ª Divisão Nacional em sucessivas tentativas frustradas de subida, com algumas presenças marcantes na Taça de Portugal, atingindo mesmo em 1985/86 a final da Taça Federação Portuguesa de Andebol, o Clube impulsionava decididamente a formação. Graças à dedicação e esforço de muitos Dirigentes e Seccionistas anónimos, abrangeram-se todos os escalões, desde os Infantis, e conquistaram-se galardões associativos em juvenis (1981/82), infantis (1985/86) e juniores (1991/92). 

 Este percurso levou aos primeiros internacionais jovens do Clube em 1991/92. 

 Entretanto, sempre com o apoio da autarquia, inaugurou-se o pavimento de madeira do Pavilhão em 1987 e o Edifício-Sede em 1993, dispondo de áreas Administrativas, Sociais e Comerciais. 

 Tendo solidificado as suas infra-estruturas, o Clube planeou a sua ascensão desportiva, tendo em 1995/96, após contratação do ex-seleccionador nacional Mircea Costache e de alguns atletas mais experientes, chegado ao Título Nacional da 3ª Divisão, subindo portanto à 2ª Divisão Nacional. 

 Também em 1995/96 o Clube criou o seu Centro de Formação de Andebol, passando então a apresentar várias equipas no escalão de Bambis (dos 6 aos 10 anos) nos convívios desportivos que se realizaram para tal escalão. 

 Em 1997/98 o projecto renovou-se e tornou-se mais ambicioso com a contratação de um técnico de sólida reputação e brilhante currículo ao serviço das Selecções Nacionais femininas, nascido para o andebol no nosso Clube, José António Silva. Com um reforço qualitativo do plantel a equipa sénior esteve prestes a conseguir a subida nessa época chegando até um “Play-Off” com “Os Belenenses” da 1ª Divisão Nacional. 

 Conquistou, entretanto, a Taça Governador Civil do Porto, batendo na final o Boavista. 

 Nos escalões de Formação o Clube passou a competir com duas equipas em cada escalão etário. 

 Na época 1998/99 exibiu uma flagrante superioridade na 2ª Divisão Nacional conquistando o Título a duas jornadas do término da Fase Final. Este sucesso culminou com uma época de êxitos em todos os escalões de Formação, com os infantis a tornarem-se Bi-Campeões Nacionais e Regionais, os iniciados presentes numa Fase Final do Campeonato Nacional (realizada no nosso Pavilhão) e os juvenis a conquistarem a subida ao escalão Nacional onde permanecem até hoje. 

 Em 1999/2000 os infantis sagram-se Campeões Nacionais pela terceira vez consecutiva, o que constituiu um feito único neste escalão no nosso País. 

 Em 2001/02 o Clube participa pela primeira vez numa Competição Europeia – Taça Challenger – tendo sido eliminado pela equipa do Skjern da Dinamarca que viria a vencer esta Prova Europeia. 

 Em 2015/2016 a formação ganha 3 Títulos Nacionais nas categorias de Infantis, Iniciados e Juvenis sendo também Vice-Campeão de Juniores nessa mesma época.